查干敖包庙于康熙三十五年（1714）由第一世活佛罗布桑诺尔布主持建成。乾隆四十二年（1777），清廷赐名为“福佑寺”，距今已有近300年的历史。

罗布桑诺尔布活佛出生在土默特草原，从小在呼和浩特的大召寺当沙弥，曾到塔尔寺、拉布楞寺学经。1688年，活佛来到苏尼特草原，在东苏旗乌勒敖包山洞讲经论道修行，故得名“山洞活佛”。1694年，他在查干敖包苏木所在地满都呼日勒修建一座小庙，叫满都呼诵经庙。1708年，活佛赴外蒙古库伦拜会大活佛哲布尊丹巴，表达建庙的意愿。哲布尊丹巴极其赞成，并答应无偿供给木料。第二年，罗布桑诺尔布专程赶赴多伦诺尔、张家口、归绥等地招募工匠，联系运输车辆。1714年，主庙大雄宝殿建成，1805年又修建洞阔尔学殿和明安殿，1891年扎木扬理格布德扎木素继活佛之位，他就是近代史上扬名草原的查干葛根。

在查干葛根时代，查干敖包庙达到最高峰。1900年他主持建造满巴学殿，十二年后开始建拉木林殿，重修诵经寺。1932年5月，班禅额尔德尼由德王陪同，到查干敖包庙讲经，该庙因此名声大振。

查干敖包庙是典型的蒙藏四合院式寺庙建筑群，飞檐斗拱，雕梁画栋，塔碑林立。此庙经5代活佛持续经营，陆续扩展成为拥有11座大殿，12座属庙，14个佛仓的黄教大庙。查干敖包庙有四大学部，分别是显宗学部、时轮学部、医理学部和密宗学部。寺院周围有白塔八处,香火极盛时期，僧徒1000余名，四时诵经声不断，四面八方来朝见、施舍的信徒络绎不绝。为传经需要，这里还有专门刻印经文的作坊，并设学校及手工艺作坊等。

查干敖包庙推动了本地区的政治、经济、文化、交通等各方面的发展。1937年，日军占领了锡林郭勒草原。这一时期的查干敖包庙由于战乱只剩僧徒335名。

“十年浩劫”，庙宇被毁，庙内珍品被洗劫一空，仅剩“福佑寺”一座殿堂。20世纪80年代初，该庙恢复了正常的宗教活动，一些被破坏的殿堂也陆续得到修复。现在的查干敖包庙有福佑寺、西廊配房、东西配殿等，喇嘛有40余名。