核心区位于斗龙港与新洋港出海河之间，面积26万亩。该区于1983年成立，1992年晋升为国家级自然保护区，同年11月成为联合国教科文组织盐城生物圈保护区，并被纳入世界生物圈保护区网络，1996年又被纳入东北亚鹤类保护区网络。保护区是丹顶鹤的主要越冬地。每年来这里越冬的丹顶鹤达到1200多只，占世界野生种群的60%以上。区内有鸟类379种，两栖爬行类45种，鱼类281种，哺乳类47种。其中国家重点保护的一类野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩雕、金雕、白鲟共12种，二类国家重点保护野生动物的67种。每年春秋有300多万只岸鸟迁飞经过这里停歇觅食，有50多万只水禽在这里越冬。保护区是我国少有的高濒危物种地区之一。现已发现有62种被列入世界自然资源保护联盟濒危物种红皮书中，是著名的观鸟胜地，设有电教馆、望鹤亭、水禽湖、旅游服务中心、丹顶鹤展览馆等设施，其中新建的旅游服务中心于2004年五一黄金周正式接待游客，具有星级宾馆设施。保护区还新增了丹顶鹤放飞、丹顶鹤与游客合影、丹顶鹤摄影图片展等旅游项目。
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